Jednostki certyfikujące gospodarstwa ekologiczne odgrywają główną rolę w procesie certyfikacji ekologicznej, która jest niezbędna dla producentów rolnych chcących otrzymać status ekologicznego. Certyfikacja ekologiczna jest potwierdzeniem zgodności działań rolniczych z surowymi standardami dotyczącymi ochrony środowiska i dobrostanu zwierząt.
Proces certyfikacji ekologicznej rozpoczyna się od zgłoszenia przez producenta do jednostki certyfikującej, która dokonuje szczegółowej oceny gospodarstwa.